La Cappella di San Francesco si trova a Pietrelcina e custodisce al suo interno i resti dell’Olmo delle prime Stimmate di Padre Pio – Nei suoi anni di permanenza a Pietrelcina Padre Pio aveva l’abitudine di sedersi all’ombra di questo maestoso olmo per studiare e pregare – Il 7 settembre del 1910 a distanza di circa un mese dall’ordinazione sacerdotale, in uno di quei momenti di preghiera ai piedi dell’olmo Padre Pio ricevette i primi segni della passione di Gesù “le stimmate”.
Padre Pio stesso a descrisse l’accaduto in una lettera al suo direttore spirituale: «…Ieri sera mi è successo una cosa che io non so né spiegare né comprendere. In mezzo alla palma delle mani è apparso un po’ di rosso quasi quanto la forma di una moneta, accompagnato anche da un forte ed acuto dolore in mezzo a quel po’ di rosso. Questo dolore era più sensibile in mezzo alla mano sinistra, tanto che dura ancora. Anche sotto i piedi avverto un po’ di dolore. Questo fenomeno è quasi un anno che vi sta ripetendo…».
Nel 1958 Mercurio Scocca, amico d’infanzia di Padre Pio, fece iniziare i lavori per la costruzione di una chiesetta dedicata a San Francesco d’Assisi – oggi un viale ombreggiato dai pini conduce a questo luogo caro a Padre Pio.